综合办公室

负责机关日常运转和综合协调工作;负责公文处理、会务组织、机要保密、档案管理、政务公开、信息公开、值班等工作;负责政策研究、深化改革等工作;负责督查督办、绩效考评等工作;负责政府采购、后勤保障、公共机构节能等工作。

财政金融局

负责编制执行财政预算、决算，统筹财政收支，进行会计核算、政府债务管理及非税收入征管;负责国有资产管理、区属国有企业财务监管和审计监督工作;协调做好重点项目、工程的资金保障;负责指导企业融资;负责做好与有关金融及监管机构的配合协调和监管联动工作。

规划建设局

会同相关部门编制区域内国土空间规划、详细规划及相关专项规划，经批准后组织实施;负责辖区内国有建设用地使用权出让相关工作;负责辖区内建设项目选址、规划、“三通一平”和管理工作;指导相关单位做好基础设施建设和维护工作;负责统筹辖区内应急管理、企业安全生产、环境影响评价等相关工作。

经济发展局(行政审批服务局)

负责编制、组织及实施全区经济社会发展中长期规划、产业发展规划、年度计划等;负责研究制定重点产业发展扶持政策措施，统筹产业发展布局和招商引资工作;负责项目管理和政策性资金争取工作;指导相关单位做好跨境电商及物流发展工作;负责经济运行、国民经济统计核算和信息咨询相关工作;负责科技创新工作;牵头自贸联动创新区建设工作;牵头优化营商环境工作;指导行政审批大厅运营，做好企业及项目行政审批、公共资源交易有关工作。

组织人力资源社会保障局

负责组织人事、机构编制、劳动工资、教育培训、人事制度改革等工作;负责统筹辖区内人才引进、服务与管理工作;负责党的建设、精神文明建设、群团工作;负责做好非公有制经济组织和社会组织相关工作。

企业服务中心(疾控分中心)

负责为企业提供咨询服务、劳动用工、就业培训、创新创业、公证、法律、拍卖、退税等服务工作，协助企业办理入驻、变更等手续，受理并协调解决涉企问题;承担南阳卧龙综合保税区辖区范围内卫生健康、疾病预防控制等工作;完成南阳卧龙综合保税区党工委、管委会交办的其他工作任务。

跨境电商和物流服务中心

参与拟订跨境电商和物流发展规划，承担跨境电商和物流项目谋划、培育、落地推进等工作;承担跨境电商平台建设运行、商品展示交易、企业孵化培育等工作;开展跨境电商和物流行业市场监测及数据统计分析;为企业提供跨境电商和物流有关服务;完成南阳卧龙综合保税区党工委、管委会交办的其他工作任务。

招商促进中心

参与拟订招商引资发展规划、年度计划及政策措施;承担境内外招商、展会等活动的组织策划工作;承担项目洽谈、组织签约、督导履约等工作;开展营商环境、投资政策宣传推介等工作;完成南阳卧龙综合保税区党工委、管委会交办的其他工作任务。

海关监管区服务中心

开展海关特殊监管区域政策研究，指导保税加工、保税物流、保税展示、保税维修等业态培育和业务开展;开展进出口贸易数据统计和分析工作;承担口岸及监管场所设施建设、运行管理和维护工作;协助通关卡口、查验场站等场地管理服务工作;协助与航空、铁路、公路和水路口岸的通关衔接工作;完成南阳卧龙综合保税区党工委、管委会交办的其他工作任务。